La Estación Meteorológica de Palqui inició sus registros el 25 de mayo de 2004.
Ubicada en la localidad costera de Palqui, en la punta noreste de la Isla Quinchao, Provincia de Chiloé, su emplazamiento en un espacio abierto y expuesto a todos los vientos posibilita lecturas representativas y confiables de un área amplia del mar interior de Chiloé, zona densamente poblada de coniones acuícolas.
EMPalqui fue financiada con recursos del Programa de Marea Roja de FONDEF-CONICYT para el Proyecto MR-02i1004 denominado "Investigación, Tecnologías de la Información y capacitación local para apoyar la toma de decisiones sanitarias". En la actualidad EMPalqui es parte de un circuito de estaciones en proceso de instalación, parcialmente financiados por el International Atomic Energy Agence of UNO